우선, 제주시는 방문 조사로 인한 기업부담을 최소화하기 위하여 서면에 의한 세무조사를 원칙으로 하기로 했다. 또한, 매년 부동산을 취득하는 법인에 대한 세무조사 주기도 2년으로 연장하여 2년 연속 자료요구를 지양하고, 세무조사 결과 성실납세법인에 대하여는 차기 세무조사 주기도 완화해 나갈 예정이다.
아울러, 추징세액에 대해서도 “조기징수결정 신청제”를 활용하여 이의가 없는 경우에는 과세예고기간을 단축하여 가산세를 경감하는 납세 편의도 제공해 나갈 계획이다.
한편, 제주시는 2008년도 세무조사 운영계획에 따라 과점주주 전수조사(4월), 부동산 취득법인 조사(4월～5월), 도외법인 직접 세무조사(6월), 세원확인 취약분야 특별 세무조사(7월), 50인 이상 사업장 사업소세 조사(8월～9월), 비과세 감면법인 조사 등을 통해 전년도 추징세액보다 1억 6,600만원이 증가한 12억원을 2008년도 세무조사 징수목표로 설정한 바 있다.